Dalam gelaran Grand Prix Jepang yang berlangsung di Sirkuit Motegi, Francesco Bagnaia sukses meraih gelar juara setelah memimpin balapan sejak awal hingga akhir. Kemenangan ini membawa Bagnaia semakin dekat dengan pembalap Spanyol, Jorge Martin, yang menguntit di posisi kedua.
Martin, yang memulai balapan dari posisi ke-11, berhasil mendekati Bagnaia dengan selisih waktu hanya satu detik. Upaya kerasnya ini menjadi pembatasan kerusakan yang cukup sukses, mengingat akhir pekan yang sulit yang dilaluinya bersama Pramac Ducati.
Di sisi lain, pebalap yang mengawali balapan dari pole position, Pedro Acosta (Tech3 KTM), harus tersingkir setelah mengalami kecelakaan. Ini menjadi insiden kedua baginya setelah sebelumnya juga terjatuh saat memimpin balapan sprint pada Sabtu. Saat itu, Acosta berada di posisi kedua ketika terjatuh, setelah kehilangan posisi terdepan dari Bagnaia di awal. Ia sempat menekan sang juara dunia dengan keras untuk menguasai balapan, namun tantangannya harus berakhir di lap ketiga.
Lap-lap awal berlangsung sangat kacau, dengan beberapa pembalap yang naik dan turun posisi secara dramatis. Di antara mereka adalah Marc Marquez (Gresini Ducati) dan Martin, yang masing-masing start dari posisi kesembilan dan ke-11. Martin berhasil naik ke posisi kedua sejak lap keempat, ketika ia berhasil menyalip pembalap KTM, Brand Binder.
Jack Miller, rekan satu tim Binder, juga tampil gemilang. Ia meroket dari posisi ke-14 hingga ke posisi kelima pada lap kedua, sebelum akhirnya memudar kembali.
Berbeda dengan Miller, pebalap Aprilia, Maverick Vinales, justru melorot jauh. Vinales berada di posisi kesembilan pada lap pertama setelah bersenggolan dengan Marquez di tikungan pertama. Ia kemudian terus turun hingga akhirnya terjatuh pada lap ke-13.
Pembalap VR46, Fabio di Giannantonio dan Marco Bezzecchi, juga kehilangan beberapa posisi setelah memulai balapan dari posisi ketujuh dan kedelapan. Namun, keduanya kemudian berusaha mengejar ketertinggalan.
Pada lap kelima, sebagian besar persaingan awal mulai mereda. Acosta mulai tertinggal hampir satu lap setelah terjatuh, dan balapan pun mulai berjalan dengan urutan yang lebih jelas.
Bagnaia memimpin Martin dengan selisih 1,4 detik pada titik ini. Keduanya meninggalkan kelompok pengejar yang dipimpin oleh Marquez, Binder, dan Enea Bastianini yang menunggangi Ducati merah kedua.
Binder tampak kesulitan dengan paket balapnya dan hanya mampu menahan Bastianini hingga lap ke-11. Setelah itu, tidak ada lagi perubahan di antara empat pembalap teratas selama sisa balapan. Bagnaia berhasil menjaga Martin di luar jangkauan serangan dengan manajemen balapan yang khas.
Demikian pula, Marquez juga tetap berada di luar jangkauan Bastianini yang mengancam, dengan keduanya tidak mampu berbuat banyak terhadap pasangan terdepan.
Di akhir balapan, Franco Morbidelli (Pramac Ducati) berhasil menggeser Binder ke posisi keenam. Pembalap Afrika Selatan itu hanya mampu bertahan di depan duo VR46 yang mengejar, Bezzecchi dan di Giannantonio.
Aleix Espargaro menyelamatkan sedikit kebahagiaan untuk Aprilia dengan finis di posisi kesembilan, memimpin sekelompok pebalap yang finis berdekatan. Fabio Quartararo (Yamaha), Takaaki Nakagami (LCR Honda), Johann Zarco (LCR Honda), dan Miller menyusul di belakang Espargaro.
Luca Marini merebut dua poin lagi untuk pemilik sirkuit, Honda, sementara Raul Fernandez melengkapi perolehan poin untuk Trackhouse Aprilia.
